Cùng với Viện Khảo cổ học, Bộ môn Khảo cổ, Khoa Lịch sử (Trường ĐHKHXH&NV) và các cơ quan, đơn vị khác, Bảo tàng Lịch sử Quốc gia trong quá trình thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu, sưu tầm, lưu giữ, bảo quản và trưng bày phát huy giá trị các tài liệu hiện vật, góp phần tuyên truyền, giáo dục truyền thống lịch sử văn hóa dân tộc đã tiến hành nhiều đợt điều tra, khảo sát và khai quật khảo cổ học. Bên cạnh việc nghiên cứu, tìm hiểu các vấn đề cơ bản, mang tính thời sự của khảo cổ học Việt Nam về các nền văn hóa cổ, về đời sống cư dân, táng tục, tôn giáo, tín ngưỡng, kiến trúc, nghệ thuật các thời đại, thời kỳ lịch sử, cũng đặt mục tiêu sưu tầm, xây dựng và làm phong phú hơn các sưu tập hiện vật, từng bước nghiên cứu, bảo quản và trưng bày phát huy giá trị.