Thương cảng Vân Đồn chính thức được thành lập vào thời vua Lý Anh Tông, năm Đại Định thứ 10 (1149), với tên gọi ban đầu là trang Vân Đồn. Kể từ đó, Vân Đồn đã trở thành một thương cảng quốc tế quan trọng của đất nước với một hệ thống các bến cảng, điểm kiểm soát tàu thuyền, hàng hóa, thu thuế và căn cứ phòng vệ. Vào các thời Lý - Trần, Vân Đồn đã có các khu định cư tương đối trù mật, khu khai thác và sản xuất với nhiều di tích, lịch sử, tôn giáo, tín ngưỡng…