Sự nghiệp vẻ vang của vua Quang Trung trong đại phá quân Thanh cũng như trong cải cách đất nước là một trong những trang sáng chói trong lịch sử dân tộc. Tiếc rằng vua Quang Trung sớm qua đời (năm 1792) sau chưa đầy 4 năm kể từ khi lên ngôi Hoàng đế năm 1788. Năm 1801, Nguyễn Ánh từ miền Nam đánh chiếm Phú Xuân; năm 1802, chiếm Thăng Long. Nhà Nguyễn lên thay Tây Sơn, tiếp tục đóng đô ở Phú Xuân, thiết lập chế độ quân chủ chuyên chế trên cả nước. Gia Long không cho dùng chữ Hoàng thành đối với Thăng Long mà gọi là Bắc Thành Tổng Trấn (thủ phủ của trấn Bắc Thành). Đàng Ngoài giai đoạn này gồm 5 nội trấn là Sơn Nam Thượng, Sơn Nam Hạ, Sơn Tây, Kinh Bắc, Hải Dương và 6 ngoại trấn. Từ đây kinh thành Thăng Long trở thành trấn rồi tỉnh thành.